La construction des structures de rétention d'eau est effectuée par l'association de production Garagumderýagurlushyk qui dépend du Comité de gestion de l'eau du Turkménistan. Pour les experts, la cuvette de ce lac artificiel permettra de réguler le débit de la rivière, de protéger le site des déversements provoqués par le dégel du printemps et sera utilisée pour améliorer l'approvisionnement en eau potable, industrielle et agricole des localités du Turkménistan occidental.
L'utilisation efficace et rationnelle du canal impose des actions régulières sur toute sa longueur. Par exemple, dans la région de la ville de Serdar, des travaux sont en cours pour réguler le niveau d'eau avec un débit de 68,2 m3 par seconde de manière à fournir un approvisionnement stable à la ville et à sa zone agricole. Une nouvelle structure hydraulique avec une écluse de navigation est construite dans la zone du village de Zakhmet (district de Baïramali). Un nouveau pont routier et ferroviaire garantira une navigation sûre sur le fleuve pour les barges, les bateaux à moteur et les dragues.
Dans les plus grands lacs artificiels du canal, dans les provinces de Mary et d’Akhal, les services de construction du Comité de gestion de l'eau continuent d'élever la hauteur des barrages de manière à augmenter la capacité des réservoirs. Actuellement, la réserve d'eau totale dans les trois principaux bassins de rétention – « 15 ans d'indépendance », Khaouzkhan et Kopet-Dag – est d'environ 2,6 milliards de m3.
Un autre défi est le désensablement du canal. À partir du fleuve Amou-Daria, qui prend sa source dans les lointains glaciers du Pamir, les quelque 11 milliards de m3 d'eau qui alimentent annuellement le canal charrient entre 50 et 55 millions de m3 de sable et de limon qui se déposent sur le fond du lit et des bassins rendant nécessaire l’utilisation d’une véritable armée de dragues et d’engins de terrassement pour assurer le passage sur des bateaux divers et le renforcement des berges. Rien qu'en 2020, les spécialistes de l’association de production Garagumderýagurlushyk ont retiré plus de 24 millions de m3 de limon à l'aide de dragues et d'excavatrices.
Les ponts modernes et les jonctions routières qui traversant le cours du canal à Khaouzkhan, Mary, Babadourmaz, Gyami, Achgabat et Kiptchak donnent un nouvel aspect à la rivière artificielle. Ces ouvrages permettront de supprimer plusieurs pontons qui entravent la navigation, rendant ainsi, dans un proche avenir, le canal navigable jusqu’à Achgabat.